ChIP-seq是最广泛使用的染色质图谱检测方法，但有很大的局限性，具体表现为：

1.高细胞需求量；

2.低吞吐量；

3.技术困难；

4.高成本，深度测序；

5.数据质量差，变量大

CUT&RUN和CUT&Tag检测法正在取代ChIP-seq

简化的工作流程跳过了ChIP-seq实验法中的挑战性步骤，包括染色质片段化和抗体pull down，用更少的细胞和测序读数得到更佳的数据。

具体变现为：

1.低细胞需求量；

2.高吞吐量；

3.操作流程更简易；

4.低成本，测序读取次数更少；

5.数据质量可靠，重复性好

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